Шаблон:Clade

root

 

Leaf1

   

Leaf2

 

 

Документация

[просмотр | править | история | обновить]

Базовые возможности

Этот шаблон позволяет создавать деревья с метками. Наиболее часто используется для представления эволюционных деревьев и кладограмм. Может использоваться и в других случаях, например, для представления карты категорий/подкатегорий.

{{clade
|label1=База
|1=Узел
}}

Выглядит:

База

Узел

 

{{clade
|1={{clade
   |label1=[[Ветка1]]
   |1=Лист1
   |label2=Ветка2
   |2=[[Лист2]]
   }}
}}

Выглядит:

 

Ветка1 

Лист1

  Ветка2 

Лист2

 

 

{{clade| style=font-size:75%;line-height:75%
|1={{clade
   |label1=Ветка1
   |1=Лист1
   |label2=Ветка2
   |2=Лист2
   |label3=Ветка3
   |3=Лист3
   |label4=Ветка4
   |4=Лист4
   }}
}}

Выглядит:

 

Ветка1

Лист1

  Ветка2

Лист2

  Ветка3

Лист3

  Ветка4

Лист4

 

 

{{clade
|1={{clade
   |1={{clade | thickness=3
      |1=Лист1
      |2=Лист2
      }}
   |2=Лист3
   }}
}}

Выглядит:

 

 

 

Лист1

   

Лист2

 

   

Лист3

 

 

Чтобы сделать одну из линий пунктирной или точечной, добавьте параметр |stateN=dashed или dotted, где N=номер линии:

{{clade
|1={{clade
   |1={{clade
      |1=язык1|state1=dashed
      |2=язык2
      }}
   |2=язык3|state2=dotted
   }}
}}

выглядит как:

 

 

 

язык1

   

язык2

 

   

язык3

 

 

Технические детали

Шаблон имеет множество функций для настройки внешнего вида. Их оптимальное использование требует некоторого понимания того, как работает шаблон. Кладограмма строится с использованием вложенных таблиц HTML, а линии кладограммы являются границами ячеек (теги <td>). Каждый шаблон clade создает HTML-таблицу со следующими элементами:

Описание	Ячейки таблицы	Кладограмма	Код
Простая структура кладограммы с одним дочерним узлом (или листом). Это таблица HTML с двумя строками и двумя столбцами. Ячейки правого столбца объединяются с помощью атрибута rowspan.	меткаА листА подписьА	меткаА листА подписьА	{{clade |thickness=3 |label1=меткаА |sublabel1=подписьА |1=листА }}
Подстановка в листА другой кладограммы. Вторая таблица HTML помещается в правую ячейку внешней таблицы.	меткаА метка1 лист1 подпись1 метка2 лист2 подпись2 подписьА	меткаА метка1 лист1 подпись1 метка2 лист2 подпись2 подписьА	{{clade |thickness=3 |label1=меткаА |sublabel1=подписьА |1={{clade |thickness=3 |label1=метка1 |sublabel1=подпись1 |1=лист1 |label2=метка2 |sublabel2=подпись2 |2=лист2 }} }}

Стили узлов и межузловых соединений

Внешний вид кладограммы можно настроить, изменив атрибуты границы элементов HTML-ячейки, используя параметры |state=, |color= и |Thickness=, как показано ниже:

Описание	Код	Результат
Стили разветвлений Толщину, цвет и тип линий (сплошная, пунктир) можно изменить используя параметры thickness=, |color= and |state= parameters.	{{clade |label1=Стили разветвлений |sublabel1=(скобки) |style1x=background-color:#ffffee; |1={{Clade |label2=цвет |2={{Clade |color=red |1=A |2=B |3=C }} |label1=толщина |1={{Clade |thickness=3 |1=I |2=J |3=K }} |label3=тип |3={{Clade |state=dashed |1=X |2=Y |3=Z }} }} }}	Стили разветвлений толщина   I     J     K     цвет   A     B     C     тип   X     Y     Z     (скобки)
Стили отдельных веток Толщину, цвет и тип линий отдельных веток можно изменить используя параметры thicknessN=, |colorN= and |stateN=, гдк N номер ветки.	{{clade |label1=Стили веток |sublabel1=(ветки) |style1x=background-color:#eeeeee; |1={{Clade |label2=цвет |2={{Clade |1=черный (по-умолчанию) |color1=black |2=красный |color2=red |3=синий |color3=blue |4= #00ff00 |color4=#00ff00 }} |label1=толщина |1={{Clade |1=1 (по-умолчанию) |thickness1=1 |2=2 |thickness2=2 |3=3 |thickness3=3 }} |label3=тип |3={{Clade |1=сплошная (по-умолчанию) |state1=solid |2=пунктирная |state2=dotted |3=штриховая |state3=dashed |4=нет |state4=none |5=двойная |state5=double }} }} }}	Стили веток толщина   1 (по-умолчанию)     2     3     цвет   черный (по-умолчанию)     красный     синий      #00ff00     тип   сплошная (по-умолчанию)     пунктирная     штриховая     нет     двойная     (ветки)

Обратная кладограмма

Кладограмму можно ткаже отрисовать справа на лево используя шаблон {{cladeR}}.

Код	Результат
{{cladeR |reverse=yes |label1=''Panthera'' |1={{cladeR |1={{cladeR |1=snow leopard |2=tiger }} |2={{cladeR |1=jaguar |2={{cladeR |1=lion |2=leopard }} }} }} }}	snow leopard     tiger         jaguar     lion     leopard             Panthera

Хотя это имеет ограниченную ценность, но иногда может быть полезно показать альтернативную филогению рода, например как в следующем примере:

Panthera     snow leopard     tiger         jaguar       lion     leopard

атернативная топология

Использование данных в формате Newick

Распространенным методом представления филогенетических данных является использование формата Newick. Многие опубликованные статьи предоставляют данные в формате Newick в своих дополнительных материалах, а некоторые таксономические и фитогенетические веб-сайты предоставляют возможность загрузки (например, Open Tree of Life). Строки в формате Newick можно использовать для создания кладограмм несколькими способами.

Перекодировка из формата Newick

Для создания больших кладограмм можно взять данные в формате Newick и переформатировать их в обычном текстовом редакторе.

1. Данные в формате Newick ((a, b), (c, d))
2. Заменить "(" на "{{clade|"
3. Заменить «)» на "}}"
4. Отредактировать ", " на "|" и цифры
5. Отредактировать названия

{{clade
 |1={{clade
    |1=a
    |2=b
    }}
 |2={{clade
    |1=c
    |2=d
    }}
}}

Использование строк формата Newick без перекодировки

Строки формата Newick можно использовать в параметрах |newickN=, где N это номер дочернего узла (со своими параметрами).

Например, следующую строку

((lion,jaguar,leopard),((siberian,bengal)tiger,snow leopard))panthera

можно передать в шаблон следующим образом:

Код	Результат
{{clade |label1=Label |1={{clade |label1=big cats |1={{clade |1=clouded leopards |style2=background-color:#ffdddd |newick2=((lion,jaguar,leopard),((siberian,bengal)tiger,snow leopard))panthera |2=Leaf B }} }} }}	big cats   clouded leopards   panthera     lion     jaguar     leopard       tiger   siberian     bengal       snow leopard
При использовании параметра |newick2= значение параметра |2= будет игнорироваться. Красным выделена область кладограммы сгенерированная из строки формата Newick.

Данные в формате Newick, предоставленные в Open Tree of Life и других источниках часто содержат лишние данные. Их можно удалить с помощью параметров|newickN-pattern= и |newickN-replace=, в которых указываются шаблон поиска (регулярное выражение Lua) и строку замены. Ниже приведен пример кода использующего данные в формате Newick для рода Prionailurus, загруженных с Open Tree of Life ((источник)):

{{clade
   |newick1=(Prionailurus_planiceps_ott86166,(((Prionailurus_bengalensis_chinensis_ott198595,Prionailurus_bengalensis_euptilurus_ott547362,Prionailurus_bengalensis_bengalensis_ott5557509,Prionailurus_bengalensis_rabori_ott7067613)Prionailurus_bengalensis_ott280108,Prionailurus_iriomotensis_ott418475),Prionailurus_viverrinus_ott862641),Prionailurus_rubiginosus_ott507541)Prionailurus_ott570215
   |newick1-pattern1=([%a_]*)_?(ott[%d]*)
   |newick1-replace1=''%1''
   |newick1-pattern2=Prionailurus_
   |newick1-replace2=P._
   |newick1-pattern3=bengalensis_
   |newick1-replace3=b._   
   }}
}}

Результат:

 

Prionailurus 

 

P. planiceps

   

 

P. bengalensis 

 

P. b. chinensis

   

P. b. euptilurus

   

P. b. bengalensis

   

P. b. rabori

 

   

P. iriomotensis

 

   

P. viverrinus

 

   

P. rubiginosus

 

 

 

Примеры в ru.wiki

• Олуши

Оформление

Шаблон может быть вложенным. Линки в тексте разрешаются. Можно использовать принудительные пробелы (&nbsp;).

Кладограмму можно заключить в рамку, используя {{cladogram}}, примерно так:

Заголовок

 плоды  

 орехи

 

   фрукты 

 

другие фрукты

   яблоки 

 

ранетки

   

 апорт

   

 белый налив

 

 

 

 

Подпись под кладограммой

{{cladogram
|title     = Заголовок
|align     = left
|cladogram = {{clade| style=font-size:75%;line-height:75%
|label1= [[плод]]ы  
|1={{clade
	|label1= [[орех]]и
	|1= 
	|label2= [[фрукт]]ы 
	|2={{clade
	   |1=другие фрукты
	   |label1= 
	   |label2= [[яблоко|яблоки]] 
	   |2={{clade
	       |1=[[ранетка|ранетки]]
 	       |2= [[апорт (сорт яблок)|апорт]]
	       |3= [[белый налив (сорт яблок)|белый налив]]
	      }}
	   }}
    }}
 }}
| caption   = Подпись под кладограммой
}}

Во избежание поломок страниц, использующих этот шаблон, экспериментируйте в песочнице (создать | зеркало) или своём личном пространстве.
Пожалуйста, добавляйте категории на подстраницу /doc. Подстраницы этого шаблона.